O anime conta a história de um menino chamado Uzumaki Naruto, uma criança que vive na Vila da Folha Oculta a vila ninja do País do Fogo. Quando ainda bebê, Naruto teve um monstro aprisionado em seu corpo, o Bijuu chamado Kyuubi, pelo Quarto Hokage, para salvar a vila. Desde então, Naruto é visto por muitas pessoas como um monstro, não só pelos familiares das pessoas mortas pela Kyuubi, mas também por pessoas que sofrem com as besteiras feitas por Naruto que é extremamente arteiro. Incompreendido, Naruto sonha em se tornar um ninja poderoso, e ser nomeado Hokage, para assim ser reconhecido por todos.

Além de muitas outras aventuras que o jovem Uzumaki Naruto vai enfrentar, ele aprenderá novas técnicas e ficará mais forte e assim cada vez mais próximo de alcançar o seu sonho.